Assumindo que sua instalação do mongo já está configurada para gravar log, fazer a rotação de logs é tão simples quanto isto:
$ killall -SIGUSR1 <instância do mongo>
Por exemplo:
$ killall -SIGUSR1 mongodb
Para automatizar, crie um arquivo em /etc/cron.daily com o conteúdo:
#!/bin/sh
killall -SIGUSR1 mongodb
Lembre-se de dar permissão de execução.
Você pode encontrar mais informações, inclusive como rotacionar o log a partir da interfaces de comando do mongo, na documentação da base de dados: http://docs.mongodb.org/manual/tutorial/rotate-log-files/
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