Para adicionar uma linha ao fim de uma arquivo use o sed:
sed "$ a texto do rodapé" arquivo_a_ser_editado
$: fim da linha
a: adiciona
Para que a edição ocorra no mesmo arquivo inclua o parâmetro -i:
sed -i "$ a texto do rodapé" arquivo_a_ser_editado
Use sem o -i para testar a edição.
Para adicionar uma mesma linha (uma nota de rodapé, por exemplo) em vários arquivos de um diretório:
ls *.txt | xargs sed -i "$ a texto do rodapé"
O xargs passa para o sed os nomes dos arquivos como parâmetro para o sed.
Bônus: Para adicionar um cabeçalho aos arquivos use endereço da linha, Ni, onde N é o número da linha onde será inserido o texto (para o cabeçalho, em geral, é o número 1):
sed "1i cabeçalho" arquivo_a_ser_editado
Para a edição no próprio arquivo:
sed -i "1i cabeçalho" arquivo_a_ser_editado
E, para inserir o cabeçalho em vários arquivos:
ls *.txt | xargs sed -i "1i cabeçalho"
Para um sub-cabeçalho na segunda linha:
ls *.txt | xargs sed -i "2i sub-cabeçalho"
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